در بیماری های کبدی - از جمله بیماری کبدی ناشی از مصرف الکل، ناشی از کبد چرب و...- با توجه به بروز اختلال در چرخه اوره به علت کاهش آنزیم های موثر در چرخه به واسطه کاهش جریان خون در پورت و همچنین کاهش حجم سلول های کبدی سالم، سنتز اوره با اختلال مواجه شده و در نتیجه میزان آمونیاک افزایش می یابد و به طبع آن عوارض آمونیاک نیز ظاهر می گردد.
شاید بتوان گفت یکی از دلایل بالا بودن آمونیاک در نوزادان، وجود حالتی مشابه فوق یعنی اختلال در کبد در اثر زردی و ... باشد که موجب کاهش سنتز اوره و افزایش آمونیاک می شود.